2006年の9月1日から11月8日までに細菌性髄膜炎菌疑い患者231名と死者16名が南スーダンのCentral Equatorial 州のGreater Yei 地区で報告された。10月の最終週に感染が州を越えて拡大した。脳脊髄液5検体からラテックス凝集テストで髄膜炎菌の血清群A型が陽性となった。流行調査はWHOの Early Warning and Response Network (EWARN)チームと米国CDCの支援を受けてCentral Equatorial 州の保健局が行った。今年はじめに現地の専門家、ユニセフ、WHO、NGOを含む国家の各分野の推進部門が確立された。感染地域の住民294,000名へのワクチン接種準備、サーベイランス強化、感染患者の管理、社会的動員がなされている。