2007年1月1日から3月11日までに死者430名を含む髄膜炎菌性髄膜炎疑い患者6,946名(致死率6.19%)が南スーダンの全10州中9州で報告された。患者の報告は、信頼性、迅速性に欠け、状態の把握は確定的ではない。現在最も感染が拡大しているとされるのはAweil West、Juba、Mundri East、 Rumbek、Tonj South、Wulu、Yirul郡である。3月4日から11日の一週間に81名の死亡者を含む1,541名の髄膜炎菌性髄膜炎疑い患者が発生した。南スーダン保健省、WHO、他関係団体はAweil town、Kajo-Keiji、Tonj-East、Yambioの4郡で大掛かりな予防接種を行った。また、Aweil Westでは引き続き行われており、Bor、Juba、Nimule、Rumbekは3月中旬に始まる予定である。