2008年5月以降、ギニアビサウ共和国では大規模なコレラの流行に直面している。9月21日現在、133名の死亡例を含む7,166名の患者が報告（致命率1.9%）され、入院患者では１％未満に減少している。首都ビサウでの死亡例は全死亡例の31%と少ないが、都心部から離れた地域では致命率は9％に達している。ギニアビサウ共和国では定期的にコレラの流行が起こっている。2005年から2006年にかけてコレラ患者が25,111名発生し399名が死亡した。

多数の国内外の機関が保健省を支援している。国境なき医師団により患者収容施設を建設し、早期診断、患者訪問により治療するなど対応にあたっている。