検疫所では、国民の健康に重大な影響を及ぼす検疫感染症の侵入を防止するため、海外から来航する全ての航空機や船舶に対して検疫を行い、患者を発見した場合には、隔離、停留、消毒等の防疫措置を行うとともに、貨物や機内などで捕獲された媒介動物についても病原体の有無を検査している。

さらに、海外から輸入される食品等（食品、添加物、器具・容器包装及び乳幼児用おもちゃ）の安全性を水際で確保するため、輸入時の監視指導を行っている。

全国に検疫所の組織は、本所13 カ所、支所14 カ所 、出張所85カ所設置されているが、そのうち那覇検疫所は、 沖縄県内に、本所１ヶ所、支所１ヶ所、出張所４ヶ所 で構成されている。現在、金武・中城出張所及び石垣空港出張所は無人化しており、業務の事務取扱はそれぞれ本所検疫衛生課、石垣出張所が担当している。

所在地及び連絡先

〇那覇検疫所（本所）
〒 900-0001
沖縄県那覇市港町２－11－１ 那覇港湾合同庁舎２階
電話 098-868-8037
ﾌｧｯｸｽ 098-861-4372

〇那覇検疫所 那覇空港検疫所支所
〒 901-0142
沖縄県那覇市字鏡水150　那覇空港旅客ターミナルビル 那覇空港合同庁舎３階
電話 098-857-0057
ﾌｧｯｸｽ 098-859-0032

〇那覇検疫所 石垣出張所
〒 907-0013
沖縄県石垣市浜崎１－１－８ 石垣港湾合同庁舎２階
電話 0980-82-4940
ﾌｧｯｸｽ 0980-82-4965

○那覇検疫所 平良出張所
〒 906-0013
沖縄県宮古島市平良字下里1016 平良地方合同庁舎３階
電話 0980-73-5115
ﾌｧｯｸｽ 0980-73-5116

○那覇検疫所 金武・中城出張所（無人出張所）
那覇検疫所（本所）へ連絡

○那覇検疫所 石垣空港出張所（無人出張所）
那覇検疫所石垣出張所へ連絡