検疫所は、検疫法に基づき海外から感染症（エボラ出血熱、新型インフルエンザ等感染症、中東呼吸器症候群（MERS）、ジカウイルス感染症、デング熱、マラリアなど（これらを検疫感染症といいます））の病原体の侵入を、入国者へのサーモグラフィーによる検温等で健康状態の確認等を行い、未然に防ぐ役割を担っています。
また、もうひとつの大きな役割として、輸入食品監視業務があります。これは、私たちが生活する上で欠くことのできない輸入食品について、その安全性の確保を目的としています。具体的には、食品衛生法により、販売又は営業上使用することを目的として輸入する食品、添加物等については、全て厚生労働大臣に対して届出をすることを義務づけられており、届出された輸入食品等について、国内の基準に適合しているかどうか審査し、必要に応じて検査を行っています。この業務は、食品衛生法に基づく資格条件を満たす専門職の食品衛生監視員が担当しています。
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