小樽検疫所の本所には、総務課・検疫衛生課・食品監視課があり、また、管内各地に支所(1)出張所(11)が設けられています。
明治10年 9月 清国厦門に「コレラ」病流行、長崎を経由全国に蔓延したので小樽港に検疫所を設置して船舶の検疫が行われる。たまたま横浜、函館経由で小樽に入港した三菱汽船kk所属の秋津州丸に乗船中の屯田兵1,000余名中5名のコレラ患者を発見、市外祝津海岸に仮病舎を設置、患者収容措置がとられる。
明治12年 7月14日 「海港虎列刺病伝染予防規則」公布(太政官布告第28号)される。
明治12年 7月21日 「海港虎列刺病伝染予防規則」が「検疫停船規則」(太政官布告第29号)に改正される。
その後、明治12年、15年、19年「コレラ」病が流行、その都度、小樽及び祝津に検疫所を設置し、検疫を実施される。
明治27年 5月25日 清国及び香港方面にペストが大流行したので、「清国及び香港ニ放テ流行する伝染病ニ対シ船舶検疫所施行ノ件」(勅令56号)公布。ペスト検疫が実施される。
明治32年 2月14日 海港検疫法公布(法律第19号)される。
検疫感染症「コレラ、ペスト、黄熱、猩紅熱及び痘そう」
明治33年 3月28日 臨時海港検疫所官制公布(勅令第75号)される。
明治33年 4月 1日 小樽臨時海港検疫所開設
明治34年 8月 臨時海港検疫所閉鎖
(大東亜戦争終了までの間は検疫所は設置されず水上警察署において必要な検疫措置が行われた。)
昭和 2年 8月 5日 「航空検疫規則」(内務省令第37号)が制定された。
航空機の検疫は、ペスト、コレラ及び痘そうを対象とする点が船舶の検疫と異なっていた。
昭和11年 検疫感染症から「猩紅熱」を削除「発しんチフス」を加える。
検疫感染症「コレラ、ペスト、黄熱、痘そう及び発しんチフス」
昭和22年 4月26日 検疫所官制公布(昭和22年4月25日勅令第147号)される。
昭和22年 9月26日 小樽検疫所開設(厚生省公示第64号)
昭和24年 6月 1日 厚生省設置法附則第2項により検疫所官制を廃止、厚生省附属機関として発足。
昭和26年 6月 6日 検疫法公布(法律第201号)される。
検疫感染症「コレラ、ペスト、黄熱、痘そう及び発しんチフス」
昭和30年 7月 1日 釧路出張所開設(政令第90号)
昭和31年 4月11日 検疫感染症「回帰熱」を加える。
検疫感染症「コレラ、ペスト、黄熱、痘そう、発しんチフス及び回帰熱」
昭和36年 7月 1日 留萌出張所開設(政令第232号)
昭和37年 6月 1日 稚内出張所開設(政令第221号)
昭和45年 5月16日 検疫感染症「発しんチフス及び回帰熱」が削除される。
検疫感染症「コレラ、ペスト、黄熱及び痘そう」
昭和53年 7月 1日 紋別出張所開設(政令第257号)
昭和57年 7月 1日 網走出張所開設(政令第168号)
昭和57年10月 1日 輸入食品監視業務が統合される。(政令第254号)
昭和63年10月 1日 花咲港が無線検疫港に指定される。
平成 3年10月 1日 厚生省組織規程の一部改正(省令第48号)により函館検疫所が小樽検疫所に統合され、函館支所、苫小牧支所、室蘭出張所、千歳空港出張所に名称を改め発足。
食品衛生法施行規則の一部を改正(省令第50号)により、千歳空港出張所に輸入食品等届出窓口を開設。
平成 5年10月 1日 花咲出張所開設(政令第321号)
平成 6年 4月 4日 函館支所函館空港出張所開設(政令第120号)
平成 6年 7月 1日 石狩湾港が無線検疫港に指定される。
平成 8年 6月26日 検疫感染症から「痘そう」が削除される。
検疫感染症「コレラ、ペスト及び黄熱」
平成 9年 2月 1日 厚生省組織規定の一部改正(省令第3号)により、次のように名称が改められる。
 千歳空港出張所     → 千歳空港検疫所支所
 函館支所        → 函館出張所
 函館支所函館空港出張所 → 函館空港出張所
 苫小牧支所       → 苫小牧出張所
検疫課に試験検査室を置く検疫所に指定される。
(厚生省訓第8号)
平成11年4月 1日 検疫法の一部改正(法律第115号)により、検疫感染症に「エボラ出血熱、クリミア・コンゴ出血熱、マールブルグ病、ラッサ熱」を加え、新感染症についても検疫が実施される。
検疫感染症「エボラ出血熱、クリミア・コンゴ出血熱、ペスト、マールブルグ病、ラッサ熱、コレラ及び黄熱」
平成12年 4月 1日 次長を置く検疫所に指定される。(厚生省訓第36号)
平成12年 6月 1日 十勝港が無線検疫港に指定される。
平成13年 1月 6日 中央省庁等改革のための国の行政組織関係法律の整備等に関する法律(法律第102号)により厚生労働省が設置される。
平成15年 7月14日 重症急性呼吸器症候群(SARS)が、検疫法第34条に定める感染症に指定される。(政令第305号)
平成15年10月16日 検疫法の一部改正(法律第145号)により、検疫感染症に「重症急性呼吸器症候群(SARS)、痘そう、マラリア、デング熱」を加える。
検疫感染症「エボラ出血熱、クリミア・コンゴ出血熱、重症急性呼吸器症候群(SARS)、痘そう、ペスト、マールブルグ病、ラッサ熱、コレラ、黄熱、マラリア及びデング熱」
平成17年 4月 1日 厚生労働省組織規則の一部改正(省令第75号)により、次のように名称が改められる。
 検疫課      → 検疫衛生課
 衛生・食品監視課 → 食品監視課
食品監視課に輸入食品相談指導室を置く検疫所に指定される。
平成17年 5月 1日 石狩湾港が検疫港に指定されたことに伴い、小樽検疫所留萌出張所を改め、小樽検疫所留萌・石狩出張所開設(省令第94号)
平成18年 6月 2日 インフルエンザ(H5N1)が、検疫法第2条4号に定める感染症となった。(政令第209号)
検疫感染症「エボラ出血熱、クリミア・コンゴ出血熱、重症急性呼吸器症候群(SARS)、痘そう、ペスト、マールブルグ病、ラッサ熱、コレラ、黄熱、マラリア、デング熱及びインフルエンザ(H5N1)
平成18年 6月 8日 旭川空港が検疫飛行場に指定されたことに伴い、小樽検疫所旭川空港出張所を開設。(省令第129号)
平成19年 4月 1日 検疫法の一部改正(法律106号)により、検疫感染症に「南米出血熱」を加え、「重症急性呼吸器症候群(SARS)」が削除される。
検疫感染症「エボラ出血熱、クリミア・コンゴ出血熱、痘そう、南米出血熱、ペスト、マールブルグ病、ラッサ熱、コレラ、黄熱、マラリア、デング熱及びインフルエンザ(H5N1)
平成19年 6月 1日 検疫法の一部改正(法律106号)により、検疫感染症から「コレラ、黄熱」が削除される。
検疫感染症「エボラ出血熱、クリミア・コンゴ出血熱、痘そう、南米出血熱、ペスト、マールブルグ病、ラッサ熱、マラリア、デング熱及びインフルエンザ(H5N1)
平成20年 5月12日 検疫法の一部改正(法律30号)により、検疫感染症に「新型インフルエンザ等感染症」が追加される。
インフルエンザ(H5N1)が、政令で定める感染症から削除され、鳥インフルエンザ(H5N1)が検疫感染症となった。
検疫感染症「エボラ出血熱、クリミア・コンゴ出血熱、痘そう、南米出血熱、ペスト、マールブルグ病、ラッサ熱、新型インフルエンザ等感染症、マラリア、デング熱及び鳥インフルエンザ(H5N1)
平成23年 2月1日 チクングニア熱が、検疫法第2条第3号に定める検疫感染症となった。(政令第5号)
検疫感染症「エボラ出血熱、クリミア・コンゴ出血熱、痘そう、南米出血熱、ペスト、マールブルグ病、ラッサ熱、新型インフルエンザ等感染症、マラリア、デング熱、鳥インフルエンザ(H5N1)及びチクングニア熱」
平成25年 5月6日 鳥インフルエンザA(H7N9)が、検疫法第2条第3号に定める検疫感染症となった。(政令第131号)
検疫感染症「エボラ出血熱、クリミア・コンゴ出血熱、痘そう、南米出血熱、ペスト、マールブルグ病、ラッサ熱、新型インフルエンザ等感染症、マラリア、デング熱、チクングニア熱及び鳥インフルエンザA(H5N1又はH7N9)」
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