国内に常在しない感染症のうち、「感染症の予防及び感染症の患者に対する医療に関する法律」で規定されている一類感染症等の１５感染症（右表参照）が、「検疫法」により検疫感染症に定められています。

　検疫感染症の患者（感染が疑われる者を含む。）を発見した場合には、診察、検査などを実施し、感染症の種類によっては、感染症指定医療機関へ搬送して隔離・停留を行うとともに、船内の汚染箇所の消毒を行います。他の乗組員及び乗客については、関係自治体と協力して健康監視などを行います。

　神戸検疫所では、検疫感染症の患者を発見した場合の対応について所内で部分訓練を行うとともに、神戸港健康危機管理対策委員会の構成機関と連携しながら総合的な措置訓練も行っています。