組織図

1. 総務課

人事、給与、福利厚生、予算、契約並びに物品及び国有財産の管理業務などのほか、市場開放問題苦情受付窓口、情報公開窓口などの業務を行っています。

2. 検疫衛生課

国内に常在しない感染症の病原体が船舶、航空機を介して国内に侵入することを防止するための検疫や、海外における感染症の発生状況及びその予防についての情報提供並びに予防接種などを行っています。
また、国際航行する船舶の衛生検査や港湾区域におけるねずみ族及び蚊族の生息状況の調査を行うとともに、必要に応じて駆除・消毒等を実施しています。
さらに、動物等の輸入届出の受理、審査、指導、相談などを行っています。

3. 食品監視課

食品等の輸入届出の受理、審査及び検査を行うとともに、食品等の輸入に関する指導、相談を行っています。
神戸検疫所食品監視課の管轄区域は兵庫県（食品監視第二課の担当区域を除く。）、岡山県、徳島県及び香川県となっています。

4. 食品監視第二課

食品等の輸入届出の受理、審査及び検査を行うとともに、食品等の輸入に関する指導、相談を行っています。
神戸検疫所食品監視第二課の管轄区域は神戸市東灘区及び灘区、尼崎市、西宮市（山口町を除く。）、芦屋市、伊丹市、宝塚市及び川西市並びに川辺郡猪名川町となっています。

5. 輸入食品・検疫検査センター

検疫所の所掌事務に関する衛生微生物学的及び理化学的試験検査を実施しています。

統括検査官（総合調整）

各試験検査業務の総合的な調整を行っています。

統括検査官（動物用医薬品担当）

輸入食品中の動物用医薬品に係る試験検査業務を実施しています。

統括検査官（有害有毒物質・添加物、おもちゃ等担当）

輸入食品中の有害・有毒物質、添加物及び輸入乳幼児用おもちゃ等に係る試験検査業務を実施しています。

統括検査官（残留農薬担当）

輸入食品中の残留農薬に係る試験検査業務を実施しています。

統括検査官（衛生微生物担当）

検疫法に基づくヒトの感染症及び媒介動物（ねずみ、蚊）に係る試験検査業務並びに輸入食品中の微生物規格に係る試験検査及び病原微生物等に係る試験検査業務を実施しています。

統括検査官（遺伝子組換え食品担当）

遺伝子組換え技術を利用した輸入食品に係る試験検査業務を実施しています。

審査指導課

輸入食品の試験及び検査の業務の管理に必要な審査及び指導を行っています。