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輸入食品の安全性確保は、「食品供給行程の各段階」における「食品の安全性の確保」（食品安全基本法第4条）の理念に基づき、
①輸出国段階、
②輸入時の水際段階及び
③国内流通段階
の3段階で対策を実施しています。
輸出国における衛生対策として、二国間協議を通じて生産等の段階における衛生管理の実施、監視体制の強化、輸出前検査の実施等の推進を図っている他、輸出国政府等に対し、違反原因の究明及び再発防止対策の確立を要請しています。また、必要に応じて担当官を派遣して輸出国の衛生対策の調査等を実施しています。
輸入時の水際段階では、多種多様な輸入食品を幅広く監視するため、年間計画に基づいてモニタリング検査を実施するとともに、モニタリング検査における違反の内容等に照らして違反の可能性が高いと見込まれる輸入食品について、輸入の都度、輸入者に対して検査命令を実施しています。
国内流通段階においては、各都道府県等の監視指導計画により監視指導が行われるとともに、違反発見時には厚生労働本省と検疫所が連携を図り、輸入者による違反品の回収等が迅速に行われるよう情報を共有し、適切な措置を講じています。
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