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沿革
安政
6年 (1859年)  6月 横浜港開港(他に、長崎港及び箱館港(現函館))
明治
12年 (1879年)  7月14日 海港虎列刺病伝染予防規則公布
12年 (1879年)  9月 長浦消毒所設置(現横須賀市:神奈川地方検疫局)
28年 (1895年)  3月 長浜検疫所設置(現金沢区:長浦消毒所の移転)
30年 (1897年)  4月 伝染病予防法(法律第36号)公布
32年 (1899年)  2月 海港検疫法(法律第19号)公布
32年 (1899年)  5月 野口英世博士採用(所縁の細菌検査室を野口記念館として、平成5年2月横浜市に払い下げ)
大正
13年 (1924年) 長浜検疫所新築(前年の関東大震災による災害復旧)
昭和
22年 (1947年)  4月 横浜検疫所に名称変更(厚生省所管となる)
検疫所官制公布(勅令第147号)
22年 (1947年) 12月 食品衛生法(法律第233号)公布
26年 (1951年)  6月 検疫法(法律第201号)公布
26年 (1951年)  7月 横浜検疫所横須賀支所開設(平成3年出張所となる)
26年 (1951年) 10月 食品衛生監視員事務所開設(厚生省食品衛生監視員駐在)
27年 (1952年)  8月 横浜検疫所庁舎移転(中区海岸通)旧庁舎は長浜措置場として存続
36年 (1961年) 10月 横浜検疫所三崎出張所開設
44年 (1969年) 10月 横浜検疫所川崎出張所開設(昭和53年支所となる)
46年 (1971年)  1月 無線検疫制度の運用開始(昭和45年12月11日付公衆衛生局長通知)
48年 (1973年) 10月 横浜第二港湾合同庁舎竣工(庁舎移転、管理官庁となる)
57年 (1982年) 10月 厚生省組織改編により、厚生省食品衛生監視員事務所横浜検疫所駐在を検疫所組織に統合し横浜検疫所食品監視課となる
61年 (1986年)  3月 長浜措置場施設新築更新同時に旧施設の一部は存続
平成
3年 (1991年) 10月 横浜検疫所輸入食品・検疫検査センター設置(長浜措置場施設の一部を改修)
4年 (1992年) 10月 川崎支所に食品等輸入届出窓口開設(検疫衛生・食品監視課)
7年 (1995年)  3月 輸入食品・検疫検査センター棟新築(長浜措置場敷地内)
9年 (1997年)  2月 輸入食品中央情報管理官設置(長浜措置場敷地内)
9年 (1997年)  2月 輸入食品・検疫検査センターに審査指導課設置
9年 (1997年)  2月 総務課に業務管理室設置(センターにおける庶務担当)
9年 (1997年)  2月 食品監視課に輸入食品相談指導室設置
9年 (1997年)  2月 検疫所組織再編により横浜検疫所の支所、出張所はすべて東京検疫所所轄となる
13年 (2001年)  1月 中央省庁組織再編により検疫所組織も再編され、衛生課と食品監視課が統合し衛生・食品監視課となり、新たに統括衛生管理官を設置
15年 (2003年)  4月 組織改編により輸入食品・検疫検査センターに統括検査官制を導入し、微生物課、理化学課を廃止
15年 (2003年)  4月 統括衛生管理官の廃止
15年 (2003年)  4月 横須賀出張所及び三崎出張所を東京検疫所より移管
17年 (2005年)  4月 組織改編により、検疫課が検疫衛生課に、衛生・食品監視課が食品監視課となる
17年 (2005年)  4月 横須賀出張所と三崎出張所を横須賀・三崎出張所に統合
24年 (2012年)  10月 港湾衛生評価分析官設置
26年 (2014年)  2月 国際認定機関ペリージョンソンのラボラトリーアクレディテーションインク(PJLA)(米国)から試験所の国際規格であるISO/IEC17025の認定を取得
27年 (2015年)  2月 また、認定対象範囲の拡大を目指し、PJLAのISO/IEC17025における拡大認定審査を受審し認定される
28年 (2016年)  2月 さらに、試験品採取についても拡大認定を受審し認定される
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